WGCNA如何获取关系矩阵


这篇文章主要介绍WGCNA如何获取关系矩阵,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!在进行WGCNA分析的过程(学习WGCNA)中需要基于表达矩阵转换关系矩阵,结合power值构建邻接矩阵,并由此构建TOM矩阵最终构建网络。在代码实现的过程中往往:1、计算power值2、基于power直接利用adjacency()由表达矩阵–邻接矩阵,实现多步计算但是如果想要关系矩阵呢?基于什么样的代码可以获得关系矩阵?并且不拘于WGCNA中?可以基于cor 或者corAndPvalue(注意提前加载WGCNA包,否则函数无法使用)案例数据:dat11,计算矩阵内,每个对象(需计算的对象)–基因(或者其他)两两之间的相关性:相当于列两两之间计算cor:pearson,构成一个12X12的对称2关系矩阵,行列皆为ABC…..,譬如A行,反应了基因A和ABC…12个基因之间的pearson相关性系数,如果需要进行pvalue值计算需要借助其他的函数corAndPvalue:pearson 计算关系矩阵,同时可以获得pvalue值,返回结果是一个列表,包括关系矩阵cor以及p值矩阵等等。。。2、指定矩阵间,不同对象之间计算,譬如增加一个表达矩阵dat免费云主机域名2,计算dat1中每一列和dat2每一列之间的关系矩阵,关系矩阵大小和两个表达矩阵的大小相关,N*n案例数据2cor:计算dat1和dat2关系矩阵,获得abc….与ABC….两两之间的pearson相关性系数corAndPvalue: 依然类似,返回两个矩阵列之间的关系矩阵和p值矩阵等等
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