小编给大家分享一下如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列,希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获,下面让我们一起去探讨吧!计算Kaks时批量提取多对基因的序列基因家族分析中,在计算kaks时需要将每组串联重复基因序列提取出,然后分别进行多序列比对。我们给大家提供的脚本只能一对一对的提取序列,那数量少还可以,可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提取串联重复基因序列的脚本,可以将每组串联免费云主机域名重复基因序列提取到单独的文件中。首先我们需要准备3个文件:1.串联重复基因对文件。每一行是一对串联重复基因,中间用Tab键分割。
2.所有基因cds序列。
3.一个空的目录。脚本运行命令如下:WRKY.tandem:串联重复基因对文件;../data/Sspon.v20180123.cds.fa:所有基因cds序列文件;test/:空目录。
get_fa_by_id_kaks.pl就是脚本了,其代码如下:
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