这篇文章主要讲解了“Docker怎么实现Samtools截取基因组序列”，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习“Docker怎么实现Samtools截取基因组序列”吧！Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出的比对结果为.bam文件，而重测序中BWA、bowtie等比对软件则主要输出为.sam文件）不可或缺的神器！下载镜像并运行
安装好Docker后，搜索我们百云主机提供的docker镜像，其中便有安装好samtools软件的镜像。
下载镜像。
下载完成后可以检查一下。
之后在电脑的D盘创建samtools文件夹，并粘贴需要的染色体fasta文件。如果docker是windows Toolbox版本，需要挂载D盘到虚拟机，具体操作可参考 Docker 工具安装（windows Toolbox版本）详解版！进入虚拟机。
查看工作目录。
samtools faidx 能够对fasta序列建立一个后免费云主机域名缀为.fai 的文件，根据这个.fai 文件和原始的fasta文件，能够快速的提取任意区域的序列。用法：该命令对输入的fasta序列有一定要求：对于每条序列，除了最后一行外，其他行的长度必须相同。最后生成的.fai文件如下， 共5列，t分隔；第一列 NAME：序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH：序列的长度，单位为bp；
第三列 OFFSET：第一个碱基的偏移量，从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES：除了最后一行外，其他代表序列的行的碱基数，单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽，除了最后一行外，其他代表序列的行的长度，包括换行符，在windows系统中换行符为rn, 要在序列长度的基础上加2；最后指定要提取的序列或序列在染色体上的位置，即可提取出需要的序列：感谢各位的阅读，以上就是“Docker怎么实现Samtools截取基因组序列”的内容了，经过本文的学习后，相信大家对Docker怎么实现Samtools截取基因组序列这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是百云主机，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！
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