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数据为六个样本,读取数据之后,大家可以利用head()简单查看数据的情况等。针对表达矩阵,需要查看其整体分布情况,可以利用boxplot()绘制box分布图,GEO下载的表达矩阵数据基本上都是标准化的数据,可以由箱线图的分布特点免费云主机域名看出这些样本的数据基本分布一致(中位数、上四分位数、下四分位数等等),如下图结果:2、分组矩阵
确认表达矩阵之后,可以由下载保存的样本处理信息进行分组,例如此处的样本处理分组:CONTROL/INFECTED,经过整理,分组信息大致如下,并基于分组信息构建分组矩阵(design):3、差异比较矩阵
基于分组矩阵的信息构建差异比较矩阵(cont.matrix),由差异比较矩阵显示结果可知,是进行INFECTED 与CONTROL之间的差异分析。差异表达分析
差异表达分析主要是基于lmFit()、eBayes()、topTable()完成分析过程,并提取了主要的结果(tT)。
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