这篇文章主要介绍“怎么使用ComplexHeatmap绘制单个热图”，在日常操作中，相信很多人在怎么使用ComplexHeatmap绘制单个热图问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”怎么使用ComplexHeatmap绘制单个热图”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图，能满足日常以及文章所需，本次先简单的介绍单个热图绘制的内容。单个热图由热图主体和热图组件组成。其中主体可分为行和列；组件可以是标题、树状图、矩阵名称和热图注释，在主图的四周均可，且顺序可调整。为更贴近生信使用场景，直接使用内置的基因表达数据拿到一个新数据后，除了检查[1:4,1:4]外，也许还需要看看最后几列，另外还需要观察列名称的规律。去除最后几列，或者只选取列名字包含cell的（TCGA数据处理中也会经常遇到）可以看到有很多需要“美化”的地方，别急，一点点来。可以使用circle::colorRamp2()函数来生成Heatmap()中的颜色映射函数，输入参数为分割位置以及分割点上的颜色。下例中，大于12的值都映射为红色，小于12的值映射为绿色；更改分类变量的颜色，需要把所有分类的数字均进行赋值。更多颜色修改请参考官方文档，文末的参考资料的链接。column_title_gp中的填充参数来设置标题的背景颜色聚类是热图可视化的关键组成部分，在ComplexHeatmap包中可以非常灵活的进行设置。cluster_rows/columns ：是否进行聚类show_column/row_dend ：是否显示聚类树column/row_dend_side ：聚类图绘制的位置column_dend_height/row_dend_widht：聚类树的高度 和 宽度注意：聚类树的高度 和 宽度有区别。可选计算距离的方式包括pearson,spearman以及kendall， 或者计算距离的自定义函数。自定义支持hclust()中的聚类方法。根据聚类结果将聚类树的枝设置不同的颜色通过row_order/column_order函数自定义其排序，为方便展示选择前30个基因。注：此处将gene1，gene10 先替换掉gene（不去的话是按照ASCII码免费云主机域名），然后按照数值排序。到此，关于“怎么使用ComplexHeatmap绘制单个热图”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注百云主机网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！
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