这期内容当中小编将会给大家带来有关illumina的DNA甲基化芯片探针的P值该如何计算，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。illumina 的DNA甲基化芯片，内置了control 探针，用于检测降噪，归一化等各种用途。以450K 为例, control 探针共有以下15种类型，每种类型的探针都有不同的用途在这些control探针中， NEGATIVE探针用于计算探针的P值。minfi 中计算探针P值的过程如下：探针的P值 = 1 – P(intensity)假设探针的信号强度服从正态分布，首先要计算出该正态分布的期望和方差。
由于I 型探针和II 型探针的技术原理不同，所以两种探针是分开计算的。首先根据negative 探针的信号强度，分别计算红绿两种通道的均值和方差I 型探针发出的是单色荧光，可能是红色也可能是绿色，所以红色和绿色也是单独计算的。对于红色荧光的I 型探针而言，其正态分布的均值等于negative 探针红色荧光通道的均值，标准差对应negative 红色荧光通道的方差对于绿色荧光的I 型探针而言，其正态分布的均值对应negative 绿荧光通道的均值，标准差对应negative 绿色荧光通道的方差II 型探针是双色荧光，其正态分布的均值对应negative探针红色荧光和绿色荧光的中位数之和，标准差对应红色荧光和绿色荧光的标准差之和NEGATIVE探针是一系列质量差的探针信号，假设其分布是一个正态分布。
在某个样本中，某个探针检测到的信号强度为 intensity，这个intensity 可能是一个质量差的信号，也可能是一个质量高的信号。该探针检测到的信号质量可靠记为事件A, 质量不可靠记为事件B, 很显然 P(A）+ P(B) = 1。探针的P值代表这个探针的信号质量可靠的概率，所以在计算时，只需要用1减去不可靠的概率就行了。在计算不可靠的概率时，由于I型探针和II 型探针的技术原理，共分成3个正态分布来计算概率。以上就是minfi计算探针P值的详细过程。计算出探针的P值之后，就可以根据p值进行过滤了。从计算过程也可以看出，P值越小，探针质量越高。上述就是小编为大家分享的illumina的DNA甲基化芯片探针的P值该如何计算了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如 香港云主机果想知道更多相关知识，欢迎关注开发云行业资讯频道。
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