这篇文章主要介绍了GWAS哈温平衡检验的方法的相关知识，内容详细易懂，操作简单快捷，具有一定借鉴价值，相信大家阅读完这篇GWAS哈温平衡检验的方法文章都会有所收获，下面我们一起来看看吧。「什么是哈温平衡？」哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则 哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg）法则是群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响群体的基因和基因型频率。这个法则是用Hardy,G.H (英国数学家) 和Weinberg，W.（德国医生）两位学者的姓来命名的，他们于同一年（1908年）各自发现了这一法则。他们提出在一个不发生突变、迁移和选择的无限大的随 香港云主机机交配的群体中，基因频率和基因型频率将逐代保持不变。—百度百科「怎么做哈温平衡检验？」「卡方适合性检验！」 ，一个群体是否符合这种状况，即达到了遗传平衡，也就是一对等位基因的3种基因型的比例分布符合公式：p2+2pq+q2=1,p+q=1,(p+q)2=1.基因型MM的频率为p2,NN的频率为q2,MN的频率为2pq。MN:MN：NN＝P2：2pq：q2。MN这对基因在群体中达此状态，就是达到了遗传平衡。如果没有达到这个状态，就是一个遗传不平衡的群体。但随着群体中的随机交配，将会保持这个基因频率和基因型分布比例，而较易达到遗传平衡状态。应用Hardy-Weinberg遗传平衡吻合度检验方法，把计算得到的基因频率代入，计算基因型平衡频率，再乘以总人数，求得预期值（e）。把观察数（O）与预期值（e）作比较，进行2检验。病例组和对照组的基因型分布的观察值和预期值差异无显著性（P>0.05），符合遗传平衡定律.「哈温平衡过滤和MAF过滤的区别？」之前，我对这两个概念有点混淆，后来明白过来了。这两个概念一个是对基因频率进行的筛选，一个是对基因型频率进行的筛选。对于一个位点“AA AT TT”，其中A的频率为基因频率，AA为基因型频率。MAF直接是对基因频率进行筛选，而哈温平衡检验，则是根据基因型推断出理想的（AA，AT，TT）的分布，然后和实际观察的进行适合性检验，然后得到P值，根据P值进行筛选。即P值越小，说明该位点越不符合哈温平衡。「两个目的：」plink.hwe的数据格式：结果预览：这里我们使用awk：共有123个位点，其中UNAFF为45个位点。日志：可以看到，共有45个SNP根据哈温的P值过滤掉了，和上面手动计算的一样。R代码：哈温的P值直方图：过滤掉SNP位点的P值：关于“GWAS哈温平衡检验的方法”这篇文章的内容就介绍到这里，感谢各位的阅读！相信大家对“GWAS哈温平衡检验的方法”知识都有一定的了解，大家如果还想学习更多知识，欢迎关注开发云行业资讯频道。
本篇内容主要讲解“java反射机制实例代码分析”，感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷，实用性强。下面就让小编来带大家学习“java反射机制实例代码分析”吧!1.反射机制定义java反射机制是在运行状态中，获取任意一个类的结构 , 创建对象 , …
免责声明：本站发布的图片视频文字，以转载和分享为主，文章观点不代表本站立场，本站不承担相关法律责任；如果涉及侵权请联系邮箱：360163164@qq.com举报，并提供相关证据，经查实将立刻删除涉嫌侵权内容。
微信扫一扫 
