这篇文章主要介绍ONGene数据库有什么用，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因数据库网址如下http://ongene.bioinfo-minzhao.org/index.html数据库构建的pipeline如下图所示首先在pubmed中用以下几个关键词进行检索oncogeneoncogeniconcoproteinproto-oncogene
得到候选的17033篇文献，然后从long non-coding RNA和oncogene两个关键词检索，得到43 香港云主机5篇文献。另外又从oncomirdb和miRCancer数据库中得到肿瘤相关的miRNA。对以上得到的文献进行人工核对，最终筛选得到了803个有文献支持的肿瘤基因，并对这些基因进行了以下几种数据分析功能注释，提供了基因名称，参与的通路，相关疾病等注释信息差异分析，利用TCGA中的表达谱数据，进行肿瘤和正常样本的差异分析与lncRNA的共表达分析，利用MiTranscriptome数据库中的表达谱数据，分析肿瘤基因与lncRNA之间的共表达突变信息注释，利用TCGA中的mutation信息进行注释
通过首页的browser菜单，可以浏览肿瘤基因的相关信息，以蛋白编码基因MYC为例，包含以下几个部分的结果包含了基因名称，染色体位置，对应的pathway与疾病，序列等信息，示意如下展示了该基因相关的文献和摘要信息，示意如下展示该基因在样本中的表达量信息，示意如下展示与该基因存在共表达的lncRNA信息，示意如下展示该基因上存在的mutation信息，示意如下展示其他物种中该基因的同源基因信息，示意如下该数据库中的信息是可以免费下载的，链接如下http://ongene.bioinfo-minzhao.org/download.html对于肿瘤研究而言，该数据库非常值得参考，可以帮助我们快速的筛选候选的肿瘤基因。以上是“ONGene数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！希望分享的内容对大家有帮助，更多相关知识，欢迎关注开发云行业资讯频道！
这篇文章主要讲解了“Hadoop解决了哪些问题”，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习“Hadoop解决了哪些问题”吧！首先看一下Hadoop解决了什么问题，Hadoop就是解决了大数据（大到一台计算机无法…
免责声明：本站发布的图片视频文字，以转载和分享为主，文章观点不代表本站立场，本站不承担相关法律责任；如果涉及侵权请联系邮箱：360163164@qq.com举报，并提供相关证据，经查实将立刻删除涉嫌侵权内容。
微信扫一扫 
