circos ticks怎么使用

这篇文章主要介绍“circos ticks怎么使用”，在日常操作中，相信很多人在circos ticks怎么使用问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”circos ticks怎么使用”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！在circos中，通过ticks block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的，需要有一个最小单位。通过chromosomes_units定义最小单位，用法如下chromosomes_units = 1000000之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线，有两个全局参数控制其显示方式show_ticks
show_ticks = yes 表示显示刻度线show_tick_labels
show_tick_labels = yes 表示显示刻度线上的标签对于刻度线而言，可以由多个不同标准的刻度组成，和厘米，毫米的概念差不多，可以每5M标记一个刻度线，也可以每10M标记一个刻度线。对于每一种规格的刻度线，通过tick 这个block 定义。看下面这个例子首先是两个全局参数，表明显示刻度线。接下来就是ticks模块。上图中的ticks 由两个tick构成。关于刻度线的相关参数，可以分成一下两大类别radius
radius 表示刻度线显示的位置，用法radius = 0.8r;spacing
spacing 指定刻度线之间的间隔，比如 spacing = 5u, 表示每5个单位标记一个刻度线color
刻度线的颜色, 用法color = greythickness
刻度线的粗细, 用法thickness = 2psize
刻度线的长度，用法size = 5pshow_label
show_label = yes 表示显示标签lable_size
控制label文字的大小, 用法 label_size = 5plabel_offset
控制label的偏移量，设置label和刻度线之间的间隔，用法label_offset = 10pskip_first_label
不显示第一个labelskip_last_label
不显示最后一个labelmultiplier
multiplier定义了label和实际刻度之间的比例，公式为tick_label = tick_value * multiplier, 实际标记的label需要在原来的基础上乘以multiplier 。multiplier = 1 / 1u, 表示1：1的比例，实际5u的地方就标记5；
multiplier = 10 / 1u, 表示10：1的比例，实际5u的地方就标记50。mod
mod 用于格式化标签的显示方式，使标签更加的美观。mod 代表取余数的意义
在spacing = 0.1u 的情况下，在10M-11M 之间会有10.1, 10.2 这样的刻度，当添加了mod = 1u时，10.1 除以1，余数为0.1，所以10.1 对应的 label 变成了0.1；suffix
给label添加后缀，比如 suffix = Mb,这样每个label 最后都会再加上Mbprefix
给label 添加前置，比如prefix = +, 这样每个label 前面都会在加上+format
格式化label的显示，用法和perl 语言香港云主机中的是sprintf函数的用法相同到此，关于“circos ticks怎么使用”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注开发云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！

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