今天就跟大家聊聊有关GEO数据库中的platform信息是怎样的,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。GEO数据库中的platform代表测序平台或者芯片平台,每一个platform用GPL
开头的编号唯一标识。对于一个platform而言,通常包含以下3种文件softminimlsuppl
以GPL20814
为例,链接如下https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL20814soft
和miniml
都是表示该platform的基础信息,比如GPL编号,上传日期等,soft
文件的部分内容如下在soft
文件中,每种类别的信息以^
开头,常见的类别如下所示DATABASEPLATFORMSAMPLESERIESDATABASE
代表GEO数据库的基本信息,PLATFORM
代表该平台的基本信息,SAMPLE
代表用该平台得到的样本信息,SERIES
代表使用该平台得到的一组样本。在每种类别中,!
开头代表一种类型的信息,常规格式为key = value
, 比如对于芯 香港云主机片平台而言,还会提供探针和基因之间的对应关系等信息,在对应的网页上,我们可以看到如下的表格这部分内容在soft
文件中也是存在的,示意如下采用配对的两个!
叹号来表示数据的开始和结束,在中间存放对应的表格数据。miniml
中的内容和soft
是一样的,只是用XML
格式来存储上述信息,而supplement file则是由提交者自己上传的一些补充文件,没有明确的格式。看完上述内容,你们对GEO数据库中的platform信息是怎样的有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注开发云行业资讯频道,感谢大家的支持。
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