R语言中如何进行GO注释和富集分析


R语言中如何进行GO注释和富 香港云主机集分析,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。GO注释和富集分析使用TBtools完成小编使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释,然后挑部分基因做富集分析,挑选的基因是做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls
根据GOplot包的示例数据挑选出其中的5列作为数据集1
数据集2包括数据集2的列变量应该都是转录组数据分析的结果
比如logFC应该是倍数变化Fold change 然后取log
AveExpr应该是平均表达量等
然后模仿帮助文档的例子构造数据集气泡图加一些参数的气泡图弦图现在基本可以根据自己的数据来构造GOplot的输入文件关于R语言中如何进行GO注释和富集分析问题的解答就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,如果你还有很多疑惑没有解开,可以关注开发云行业资讯频道了解更多相关知识。

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