这篇文章将为大家详细讲解有关HiCPlotter工具有什么用，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。HiCPlotter是一款命令行工具，用来展示Hi-C的交互矩阵。除了基本的用热图展示交互矩阵外，还支持添加基因结构，chip_seq等二维数据的注释信息，网址如下https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter对于交互矩阵，支持多种格式Hi-C交互矩阵以bin为单位，每行和每列都代表一个bin, 对应单元格的数值反映两个bin之间相互作用的频率。通用格式如下所示#开头的行以及第一行都被当做是注释信息，会被忽略掉。HiC-Pro为了解决传统的交互矩阵太大的问题，专门制定了一种新的格式，如下所示共三列，前两列对应bin的编号，第三列的数字代表两个bin之间交互作用的频率，不存在相互作用的bin就不会记录在该文件之中。除了这个文件，还需要下列文件给出了每个bin编号对应的染色质位置，通过这两个文件就可以完整描述描述染色质交互信息了。软件的基本用法如下-f参数指定输入的Hi-C交互矩阵，-n指定交互矩阵热图的标题名称，-chr指定要画的染色质的名称，-r指定对应的分辨率，-o指定输出文件的前缀, 结果示意如下对于HiC-Pro的输出格式， 香港云主机用法如下-tri 1声明输入的交互矩阵的格式是HiC-Pro的输出格式，-bed指定bin编号对应的染色质位置文件，其他参数和基本用法相同。该软件支持同时可视化多个交互矩阵，用法如下对应的-f和-n参数为空格分隔的多个参数，结果示意如下除了上述基本用法，还可以添加注释信息，比如基因结构，对应chip_seq数据等，结果示意如下此时需要输入各种注释信息对应的文件，对于不同的注释信息，要求的格式不同，更多的细节请参考官方文档。关于“HiCPlotter工具有什么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，使各位可以学到更多知识，如果觉得文章不错，请把它分享出去让更多的人看到。
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