这篇文章主要为大家展示了“大数据中如何绘制曼哈顿图”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“大数据中如何绘制曼哈顿图”这篇文章吧。曼哈顿图的命名得益于其形状，和纽约市曼哈顿区鳞次栉比的大楼非常相近，曼哈顿区是摩天大楼最多的城市，标志性的景观如下曼哈顿图示意如下每条染色体可以看做是一座高楼，整体看上去形似曼哈顿区的摩天大楼，所以称之为曼哈顿图。了解了曼哈顿图的命名，再来看下它所展示的信息。从上图可以看出，曼哈顿图的x轴为snp位点在染色体上的位置，y轴为SNP位点对应的p值。从本质上来看，属于散点图。有x轴和y轴的坐标，人 香港云主机人都可以画散点图，那为何曼哈顿图的绘制看上去并非如此简单呢？秘密就在于SNP位点的染色体位置，对于不同的染色体，在标记位置时都是从1开始计数的，比如1号和2号染色体的12bp对应的是两个snp位点。通过染色体和位置两列信息相结合， 可以唯一表征snp位点的位置。然而在绘制散点图时，x轴只能用1个数值来表示。在曼哈顿图中，将染色体线性排列，1号染色体的位置不变，2号染色体的位置在原来的基础上再加上的1号染色体的总长度，然后依次类推，通过这样一种形式，将原始输入文件中染色体和位置两列信息，转换为绘图所用的x轴坐标信息。在实际分析中，通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿图的绘制，用法如下输出结果如下所示可以看到，只需要准备好同样格式的输入文件，绘制曼哈顿图就是几秒钟的事情。曼哈顿图展示了每个SNP位点的p值信息，图中的两个水平横线对应筛选显著位点的阈值，一个对应的p值是1e-5，另一个对应的p值是5e-8。当然该R包还提供了很多的功能，比如高亮标记指定的snp位点等，改变染色体显示的名称等等，能够满足基本需求，但是还是由许多限制，比如不能展示性染色体。该包的源代码中会自动对数据过滤，只保留常染色体上的SNP位点。使用别人的R包就是这个样子，别人给你什么，你用什么，想要个性化，要么通知R包的开发者新增功能，当然人家不一定会买账，要么自己来。将qqman中的核心源代码部分截取出来，如下这里省略了颜色的赋值，可以看到，大部分的工作是在计算snp位点对应的x轴坐标，画图的代码只有寥寥几句。理解了曼哈顿图的本质，就可以自已用R或者熟悉的软件来定制曼哈顿图。以上是“大数据中如何绘制曼哈顿图”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注开发云行业资讯频道！
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