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「上一步，去掉缺失信息后，现在有文件是过滤缺失后的文件：」结果文件：plink.sexcheck第一列为家系ID，第二列为个体ID，第三列为系谱中的性别，第四列为SNP推断的性别，第五列是否正常，第六列为F值。「使用R语言作图：」图中可以看出，woman中，大部分都是小于0.2，有一个为1，应该是错误的ID。我们使用grep过滤一下：根据STATUS列，如果有问题的话，为“PROBLEM”，我们可以根据这个关键词将有问题的行打印出来。1349 NA10854 2 香港云主机 1 PROBLEM 0.99可以看出，个体NA10854是有问题的。将相关错误的ID提取出来（家系ID，个体ID），之所以提取家系ID和个体ID，因为plink有参数remove可以根据ID进行筛选。我们将结果保存在sex_discrepancy.txt。当然，你也可以对个体进行判定填充，这是用--impute-sex就可以实现，这样的话那个错误的个体会根据统计量更改性别信息。这里我们选择的是删掉这个个体。去掉个体或者SNP，关键词不一样，容易混淆，这里总结一下。「保留或去掉个体：」「保留或去掉SNP：」以上就是关于“r语言性别质控的方法”这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注开发云行业资讯频道。
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